Met Prison Break: The Conspiracy keren we weer terug naar de Fox River State Penitentiary uit het eerste seizoen. Alleen spelen we niet met Michael Scofield maar met de Company agent Tom Paxton, deze moet van zijn bazen uitvinden waarom Scofield zich heeft laten opsluiten bij zijn broer. De vaste fans van de TV serie weten hier uiteraard allang het antwoord op.